17 Kasım'da yapılacak yerel seçimler, Koalisyonu oluşturan partiler için oldukça önemli bir olay olmuş, seçim kampanyaları adeta genel seçimleri andırmıştır. Koalisyonu oluşturan partilerden özellikle CHP'nin, 1961 Genel seçimlerindeki oy oranından düşük oy alması durumunda koalisyonun bozulacağı söylentileri yayılmıştır.
Koalisyonun küçük ortakları olan YTP ve CKMP için ise bu seçim tam bir ölüm kalım meselesiydi haline gelmiş ki bu iki parti çoğu yerde zayıf kalmıştır. Eski DP tabanına hitaben kurulan bu iki parti CHP ile koalisyon yapmanın bedelini bölünmeler ve istifalarla ödemiş, seçmenlerini AP'ye kaptırmışlardır. YTP, CHP ile AP arasında bir "denge partisi" misyonunu üzerine almış ve halkı kutuplaştırarak ikiye böldükleri iddiasıyla bu iki partiye yüklenerek oy almaya çalışmıştır. Seçim propagandalarında koalisyon partilerinin birbirleri aleyhinde demeçler verdikleri gözlemlenmiştir. AP ise hepsinden daha şanslı bir konumda kalmış; seçimler yaklaşırken sert muhalefetten çok susmayı tercih etmiş bu sayede yıpranmamıştır. AP, 1961 seçimlerinde 42 ilde seçimlere katılırken, bu seçimlerde 67 ilde örgütlenmesini tamamlamış olarak seçimlere girmiştir. Seçimler sonrasında koalisyonun bozulacağı ve bir CHP-AP koalisyonunun gerçekleşebileceği öngörülmüştür. 17 Kasım'da gerçekleşen yerel seçimler sonrasında sonuç tam da beklenildiği gibi çıkmış, CKMP ve YTP büyük oy kaybına uğramıştır.
AP: 42, CHP:23, YTP:1, Bağımsızlar da 1 ilde belediye başkanlığı kazanırken, CKMP ise hiçbir yerde kazanamamıştır. AP Genel Başkanı Ragıp Gümüşpala, seçim sonuçlarının bu şekilde ortaya çıkması üzerine AP'nin iktidara hazır olduğunu söylemiş, Koalisyon bozulursa en doğrusunun genel seçime gitmek olduğunu ifade etmiştir.
Koalisyon Hükümeti'nin Başbakanı İsmet İnönü, seçim sonuçları üzerine, seçimden iki gün sonra Cumhurbaşkanı Cemal Gürsel ve Başbakan Yardımcısı YTP Genel Başkanı Ekrem Alican'la görüşmüştür. YTP ve CKMP koalisyondan ayrılmaya kararlı bir tavır sergilemiştir. AP ile CHP’nin görüş ayrılıklarının hükümetin çalışmasını engelleyeceği düşünüldüğü için AP ile koalisyona olumsuz bakılmıştır. CHP- Bağımsızlar koalisyonu düşünülmüş ancak AP’nin desteğini gerektireceği için vazgeçilmiştir. Hükümeti AP’nin kurması durumunda ise aynı şekilde CHP’nin desteğini almak zorunda kalacaktır. Çünkü AP, YTP ve CKMP aleyhine oylarını arttırmıştır.21 Kasım'da YTP Genel İdare Kurulu, Koalisyondan çekilme kararı almış ancak kararın, YTP grubunda görüşüldükten sonra kesinleşmesi ön görülmüştür. Bu gelişme üzerine Cumhurbaşkanı Cemal Gürsel, "Milli Koalisyon" fikrini tekrar gündeme getirmiş ve koalisyonun dağılmayacağını ifade etmiştir.
YTP Genel İdare Kurulu'nun koalisyondan çekilme kararı aldığı günden bir gün sonra yani 22 Kasım 1963 günü Amerika Başkanı Kennedy bir suikast sonucu öldürülmüştür. Başbakan İsmet İnönü, 24 Kasım'da cenaze törenine katılmak üzere Amerika'ya gitmiştir.
25 Kasım'da toplanan YTP Meclis ve Senato Ortak Grup toplantısında koalisyonda kalıp kalmama konusunda sert tartışmalar olmuş, koalisyon görüşmelerinin İnönü’nün Amerika’dan dönüşüne kadar ertelenmesi talebi Burhan Apaydın’dan gelmiştir. Apaydın şu ifadeleri kullanmıştır:
"Bütün dünya Kennedy'nin öldürülmesiyle yas tutuyor. Her yerde hatta Birleşmiş Milletlerde bile bütün müzakereler kesilmiştir. Bütün insanlığın hürriyeti için mücadele etmiş olan bir insanın toprağa verildiği bir günde, bizim bu meseleleri konuşmamızdan dolayı içim sızlıyor. Üstelik Başbakan İnönü de Türk Hükümetini ve milletini temsilen cenaze töreninde bulunmak üzere oradadır. Biz, bugün koalisyondan çekilme kararı alırsak onun temsil salahiyetini zedelemiş oluruz. Bu hareket, devletin itibar ve şerefine zarar verir. Böyle bir günde genel başkan bir Başbakan yardımcısı ve üstelik Başbakan'a vekillik eden bir zat mesuliyetini bilmelidir ve şimdi olduğu gibi gayri ciddi isteklerde bulunmamalıdır. Başbakan İnönü, orada Amerika'da yeni Cumhurbaşkanı ile de görüşebilir. Biz hükümetten çekilirsek, devletin menfaatlerine zarar vermiş olmaz mıyız?”
YTP Ortak Grup toplantısında tartışmaların dozu artmış, Bakanlar birbirine girmiştir. Bu tartışmalar yaşanırken, koalisyonda kalacağı düşünülen CKMP, sürpriz bir biçimde 26 Kasım 1963 günü koalisyondan kesin olarak çekilme kararı aldığını açıklamıştır.
Ertesi gün YTP Ortak Grubu da koalisyondan ayrılma yönünde kesin kararını vermiş, bu karar 6 çekimser, 7 red oyuna karşılık 41 kabul oyu ile alınmıştır. Başbakan İnönü Amerika'dan dönmeden, YTP ve CKMP'nin koalisyondan çekilerek bir hükümet buhranına neden olmalarına Cumhurbaşkanı Cemal Gürsel sert tepki göstermiş ve şunları söylemiştir:
"Son olaylar, politika tarihimizde esef verici bir sayfa açacaktır. Memleketin işlerini kendi elleriyle, kendi çalışmaları ile en kötü hale getirip bunu batağa düşürüp de bırakıp kaçmanın, vazife ve memleket duygusu ile bağdaşacağını sanmıyorum. Çok kıymet verdiğim, hürmet ve takdir ettiğim, vazife seven ve çalışkan arkadaşların içinde bulunduğu bu partilerin sudan davranışları beni şaşırttı... Memleketin uzun müddet hükümet buhranına tahammülü yoktur.”
Koalisyon ortakları YTP ve CKMP, Cumhurbaşkanı Cemal Gürsel'in bu açıklamasına tepki göstermiş, ayrıca iki parti birbirini suçlamaya başlamış, CKMP Koalisyon Hükümeti'ni zayıflatan partinin YTP ve özellikle Ekrem Alican olduğunu belirtmiştir.
2 Aralık'ta Amerika'dan dönen Başbakan İsmet İnönü, YTP ve CKMP'nin koalisyondan çekildiklerinin resmen bildirilmesi üzerine aynı gün istifa etmiştir. Böylece CHP-YTP-CKMP- Bağımsızlar Koalisyon Hükümeti dönemi sona ermiştir.